مدرسه فیضیه در قم میدان آستانه مقدسه و در جوار حرم مطهر حضرت معصومه (س) قرار گرفته است با توجه به کتیبه سردر ایوان جنوبی آن که به شاه طهماسب صفوی منسوب شده است بنای اولیه مدرسه با نام مدرسه آستانه مربوط به قرن ششم هجری بوده و تا اواخر قرن یازدهم با همین نام مشهور بوده است ،بنای فعلی آن در سال ۱۲۱۳ و ۱۲۱۴ق، توسط فتحعلی شاه ساخته شده است. مدرسه فیضیه از نیمه نخست قرن 13 هجری قمری جایگزین مدرسه آستانه شد.

بنای مدرسه چهار ایوانی است و در دو طبقه با ۴۰ حجره پایینی متعلق به عصر قاجار و ۴۰ حجره بالایی متعلق به قرن چهاردهم هجری قمری بنا شده است. قدیمی ترین بخش مدرسه، ایوان جنوبی آن است که به تاریخ ۹۳۹ هجری قمری با کاشی های زیبای معرق، متعلق به عصر صفوی تزیین شده است .سردر ورودی این مدرسه دارای طاقی جناغی شکل است. صحن اصلی آن با ابعاد ۵۰ در ۸۹ متر، دارای چهار ایوان در دو طبقه است.

امام خمینی (ره) پس از ورود به قم در سال 1301 در حجره‌ی 23 مدرسه فیضیه سکونت داشتند، در 29 اسفند 1341 شاهد یورش ماموران شهربانی و ژاندارمری قم به مدرسه فیضیه بودیم و در فروردین 1342 نیز فیضیه یک بار دیگر هدف حمله نظامی قرارگرفت، به دلیل قرار گرفتن فیضیه در کانون مبارزات سیاسی و فعالیت‌های اجتماعی امام خمینی (ره) رژیم شاه نیز این مدرسه را محلی برای اجتماعات سیاسی و پناهگاه طرفداران انقلاب به حساب می آورد. در خرداد سال 1354 تظاهراتی به انگیره بزرگداشت خاطره شهدای 15 خرداد در فیضیه برگزار شد که به تعطیلی مدرسه تا پیروزی انقلاب اسلامی انجامید.

مدرسه یک بار در سال ۱۲۵۵ق توسط حاجی علی محمد فیض مرمت شد وپس از آن توسط آیت الله میرزا محمد فیض در طبقۀ دوم قسمت‌های شمالی و شرقی مدرسه حجره سازی شد و در سال ۱۳۰۱ آیت الله حاج شیخ عبد الکریم حائری حجره‌های دیگر قسمت‌ها را کامل کرد.  در سال ۱۳۷۰ق آیت الله بروجردی در کمرگاه ایوان غربی یک طبقۀ دوم ایجاد کرد.

نامگذاری این مدرسه به نام فیضیه به جهت این بوده که فیض کاشانی که مدتی در این مدرسه تدریس می‌کرده و این مدرسه، محل تدریس و محل اقامت وی در مدت اقامتش در شهر قم بوده است. به همین جهت، این مدرسه در بین مردم به نام مدرسه فیض معروف شد. برخی نیز معتقدند که این نام از زمان تجدید بنای مدرسه در دوره قاجار و به پیشنهاد علمای این دوره رایج شد. این احتمال با توجه به اینکه خاندان فیض در دوره قاجار ریاست شرعی شهر قم را برعهده داشتند.  برجسته‌تر می‌شود.
این اثر در تاریخ ۹ بهمن ۱۳۸۶ با شماره ی ثبت ۲۰۷۱۵ به‌عنوان یکی از آثار ملی ایران به ثبت رسیده است.